M&Aの減税措置・税制優遇とは？中小企業の経営資源集約化税制など買い手・売り手が使える制度

国は、中小企業がM&Aを通じて経営資源を集約し、生産性を高めることを税制面でも後押ししてきました。いわゆる「M&Aの減税措置」には、買い手が株式取得に伴うリスクに備えて準備金を積み立てられる制度や、M&A後の設備投資・不動産の移転にかかる税負担を軽くする措置などがあります。一方で、売り手にとっては、そもそもどのスキームで売るかによって税負担が大きく変わり、役員退職金の使い方ひとつで手取りが変わることもあります。

本稿では、M&Aで使える税制優遇・減税措置の全体像を、買い手・売り手の双方の立場から整理します。中心となる「中小企業の経営資源集約化に資する税制」の仕組みと要件の考え方、取り崩しの論点、売り手側の株式譲渡・事業譲渡の課税の違い、登録免許税・不動産取得税の軽減措置、事業承継税制や補助金との違い・併用の考え方まで順に解説します。

M&Aの減税措置・税制優遇の全体像

M&Aに関係する税制を「誰が」「どの場面で」使うかで分けると、全体像がつかみやすくなります。まず押さえておきたいのは、M&Aのための税制優遇の多くは買い手側（譲り受ける中小企業）向けに設計されているという点です。売り手側には「M&Aをしたから税金が安くなる」という専用の減税制度は多くなく、スキームの選び方や役員退職金の活用など、一般的な税制の中でどう手取りを確保するかが中心の論点になります。

以下では、それぞれの制度を順に見ていきます。M&Aそのものの進め方を先に知りたい方はM&Aによる会社売却の流れ、中小企業の小規模なM&Aの特徴はスモールM&Aとはもあわせてご覧ください。

買い手向け：中小企業の経営資源集約化に資する税制

「中小企業の経営資源集約化に資する税制」は、中小企業がM&Aで他社を譲り受け、経営資源を集約して生産性を高める取り組みを後押しするために設けられた税制の総称です。制度創設時には、準備金の積立、M&A後の設備投資への優遇、雇用確保・賃上げとあわせた優遇が柱として整理されていました。その後の改正で内容の組み替えや拡充が行われているため、現在どの措置が使えるかは年度ごとに確認が必要です。

この中で、M&Aに直接結びつく代表的な措置が中小企業事業再編投資損失準備金です。以下、この準備金を中心に仕組みを解説します。

準備金の仕組み：株式取得価額の一定割合を損金算入できる

M&Aで他社の株式を取得すると、買収後に簿外債務や想定外の損失が見つかるなど、「買ってみないと分からない」リスクを買い手が負うことになります。準備金制度は、このリスクに備えて、取得した株式の取得価額の一定割合を準備金として積み立てた場合に、その金額を損金に算入できるようにする仕組みです。制度創設時の概要では、積立限度は株式取得価額の70%以下とされ、対象となる取得価額には上限が設けられています。

たとえば、買い手の中小企業が対象会社の株式を1億円で取得し、仮に取得価額の70%を積み立てたとすると、7,000万円をその事業年度の損金に算入できるイメージです。その分、買収した年度の課税所得が小さくなり、法人税等の納付額が抑えられます。買収資金を借入や手元資金でまかなう買い手にとっては、買収直後の資金繰りを楽にする効果があります。

適用要件の考え方：計画認定と事前調査がポイント

準備金を使うには、主に次のような要件を満たす必要があります。細かな要件は改正で変わるため、ここでは考え方を中心に整理します。

• 買い手が青色申告を行う中小企業者であること：資本金や従業員数などで定められた中小企業者の範囲に該当する必要があります。
• 経営力向上計画の認定を受けていること：中小企業等経営強化法にもとづく経営力向上計画に、M&A（事業承継等）の内容を記載し、所管の行政機関の認定を受けます。原則として、株式を取得する前に認定を受けておく必要がある点に注意が必要です。
• 事業承継等事前調査（デューデリジェンス）を行うこと：計画には、財務・税務・法務などについて買収前にどのような調査を行うかを記載し、実施状況の報告も求められます。
• 株式を購入によって取得すること：他社の株式を対価を支払って取得する場合が対象で、取得後も一定期間保有し続けることが前提になります。

実務上もっとも注意したいのは、計画認定のタイミングです。基本合意から最終契約・クロージングまでのスケジュールが詰まっていると、認定が間に合わず準備金を使えないことがあります。M&Aの検討が具体化した段階で、税理士や支援機関に適用の可否とスケジュールを確認しておくと安心です。デューデリジェンスの内容はデューデリジェンスとはで解説しています。

取り崩しの論点：据置期間後の均等取崩しと、途中の取崩し

積み立てた準備金は、次のような場面で取り崩して益金に算入します。制度創設時の概要では、積立後の一定期間（5年間）は据え置き、その後の一定期間で均等に取り崩す仕組みとされています。

特に、買収後に対象会社を吸収合併してPMI（統合）を進める計画がある場合、合併のタイミングで準備金をまとめて取り崩すことになり、想定より早く課税が生じる可能性があります。統合の進め方はPMIとはを参考に、税務面のスケジュールと合わせて検討するのがおすすめです。

近年の拡充：複数回のM&Aを行う企業向けの類型

近年の改正では、複数回のM&Aを通じて成長を目指す中堅・中小企業を対象に、産業競争力強化法にもとづく計画の認定を前提として、積立割合や据置期間を拡充した類型も設けられています。どの類型に該当するか、どの計画の認定が必要かで要件が大きく異なるため、自社のM&A戦略に照らして税理士と確認してください。

M&A後の設備投資や、のれんの税務上の扱い

準備金のほかにも、買い手には次のような税務上のポイントがあります。

• M&A後の設備投資：経営力向上計画の認定を受けて一定の設備を取得した場合に、即時償却や税額控除を選択できる中小企業経営強化税制の類型があり、制度創設時には経営資源の集約化に資する設備も対象に加えられました。適用期限や対象設備は改正で見直されるため、最新の要件を確認してください。
• 事業譲渡で取得した場合ののれん：事業譲渡で事業を譲り受け、時価純資産を上回る対価を支払った場合、その差額は税務上「資産調整勘定」として一定期間で償却し、損金算入できるのが一般的です。株式譲渡では、買い手の単体の税務上はのれんが生じないため、スキームによって買い手の税負担が変わります。考え方はのれん償却とはとのれん（営業権）とはで詳しく解説しています。
• 賃上げに関する税制：M&A後に従業員の給与を引き上げる場合、賃上げ促進税制の対象になることがあります。こちらもM&A専用の制度ではありませんが、統合後の人事施策とあわせて確認しておくとよいでしょう。

売り手向け：株式譲渡・事業譲渡の課税と役員退職金

売り手にとって最も影響が大きいのは、特定の減税措置よりも「どのスキームで売るか」です。同じ価格で売却しても、株式譲渡か事業譲渡かで、誰に・どのような税金がかかるかが大きく変わります。

株式譲渡：申告分離課税で一般的な税率は20.315%

オーナー個人が保有する株式を譲渡した場合、譲渡益（譲渡価額から取得費と譲渡費用を差し引いた額）は、給与などの他の所得と合算せず、申告分離課税で課税されます。2026年時点の一般的な税率は、所得税15%・復興特別所得税0.315%・住民税5%の合計20.315%です。給与所得などの総合課税は所得が大きいほど税率が上がる累進課税のため、それと比べると、株式譲渡の税負担は一律で見通しを立てやすいのが特徴です。なお、極めて高額な所得については追加的な負担を求める措置も設けられています。

たとえば、創業時に1,000万円で出資した会社の株式を1億円で譲渡し、仲介手数料などの譲渡費用が500万円かかった場合、譲渡益は8,500万円となり、税額は約1,727万円（8,500万円×20.315%）が目安になります。取得費が分からない場合は、譲渡価額の5%を取得費とみなす概算取得費を使う方法もありますが、実際の取得費が大きい場合は不利になるため、出資時の資料を確認しておくことが大切です。手取りの目安は株式譲渡の手取り計算ツールで概算できます。

事業譲渡：会社に法人税、オーナーの手元に届くまでに二段階の課税

事業譲渡では、売り手は会社（法人）です。譲渡益には会社の他の損益と合算して法人税等が課されます。さらに、その売却代金をオーナー個人が受け取るには、配当や役員報酬・退職金として会社から支払う必要があり、その段階で個人にも課税されます。配当は総合課税となるため、所得が大きいと税率が高くなりやすく、結果として株式譲渡よりも手取りが少なくなるケースが多くあります。

また、事業譲渡では建物や機械、のれんなどの課税資産の譲渡に消費税がかかり、不動産の移転には登録免許税や不動産取得税も発生します（これらは主に買い手が負担する税金ですが、価格交渉に影響します）。一方で、会社に繰越欠損金がある場合は譲渡益と相殺できるなど、事業譲渡が有利になる場面もあります。スキームの違いは事業譲渡と株式譲渡の違いで詳しく整理しています。

役員退職金の活用：退職所得の優遇と株価への影響

株式譲渡と組み合わせてよく検討されるのが、売却に合わせてオーナーに役員退職金を支給する方法です。退職金は「退職所得」として、収入から勤続年数に応じた退職所得控除を差し引き、さらにその2分の1を課税対象とする計算が一般的で（勤続年数が短い役員などには例外があります）、他の所得と分けて課税されます。会社側でも、役員の功績などに照らして不相当に高額でない範囲であれば損金に算入できます。

退職金を支給すると会社の純資産が減るため、株式の価値（譲渡価格）はその分下がりますが、「退職金として受け取る部分」と「株式譲渡代金として受け取る部分」に分けることで、合計の手取りが増えるケースがあります。どこまで退職金に振り分けるのが適切かは、勤続年数、支給額の妥当性、会社の資金、買い手との合意などで変わります。詳しくは役員退職金と自社株評価の関係を参照し、具体的な設計は税理士に確認してください。

登録免許税・不動産取得税の軽減措置の考え方

事業譲渡や会社分割などで不動産を移す場合、所有権移転の登記に登録免許税が、不動産の取得に不動産取得税がかかります。工場や店舗、事務所などの不動産を持つ事業では、この負担が数百万円単位になることもあり、M&Aのコストとして無視できません。

そこで、経営力向上計画の認定を受けてM&A（事業承継等）を行う場合に、不動産の権利移転にかかる登録免許税の税率を軽減し、不動産取得税の課税標準を一部控除する措置が設けられてきました。軽減の割合や対象となる行為、適用期限は改正で変わるため、具体的な数値は最新の公表資料で確認してください。

• 対象になりやすいのは、事業譲渡や会社分割など、不動産そのものが買い手側に移転するスキームです。
• 株式譲渡では会社が不動産を持ち続けるため、原則として登録免許税・不動産取得税は発生せず、軽減措置を使う場面もありません。
• 合併や一定の要件を満たす会社分割では、もともと不動産取得税が非課税となる取り扱いもあり、軽減措置との関係は個別に確認が必要です。
• 計画の認定を受けた後に移転登記を行う必要があるなど、手続きの順序が要件になる点に注意が必要です。

事業承継税制との違い

M&Aの税制優遇と混同されやすいのが「事業承継税制」です。事業承継税制は、後継者が非上場株式を贈与や相続によって引き継ぐ場合に、贈与税・相続税の納税を猶予し、一定の要件を満たせば免除する制度です。親族内承継や、親族以外の役員・従業員への承継で使われます。

一方、第三者に株式を売却するM&Aは、贈与・相続ではないため事業承継税制の対象外です。売り手には前述の株式譲渡の課税が生じ、買い手は経営資源集約化税制などの対象になりえます。また、事業承継税制を使って株式を引き継いだ後継者が、その後に株式を第三者へ売却すると、猶予されていた税額の納付が必要になる場合がある点にも注意が必要です。特例措置には計画の提出期限や適用期限が設けられており、見直しの議論も続いているため、最新の状況を確認してください。制度の詳細は事業承継税制とはで解説しています。

補助金（事業承継・M&A補助金）との併用

税制とは別に、M&Aにかかる費用を補助する制度として「事業承継・M&A補助金」（従来の事業承継・引継ぎ補助金）があります。年度により名称や枠組みが見直されることがあるため、最新の公募要領を確認してください。M&Aの仲介・FA手数料やデューデリジェンス費用など専門家の活用にかかる費用、M&A後の統合（PMI）にかかる費用、承継後の設備投資などが対象となる枠が設けられてきました。

• 税制と補助金は仕組みが別：税制は税額の計算上の優遇、補助金は費用の一部を給付するもので、要件を満たせば両方を検討できます。ただし、同じ経費に国の複数の支援を重ねて受けられないなどのルールがあるため、併用の可否は個別に確認が必要です。
• 補助金は原則として課税対象：受け取った補助金は、原則として会社の益金（収入）になります。固定資産の取得に充てた場合には圧縮記帳を使える場合もあります。
• 専門家の要件：専門家活用に関する枠では、国に登録されたM&A支援機関を利用することが要件とされています。依頼先を選ぶ段階で確認しておきましょう。
• 交付決定前の発注に注意：原則として交付決定前に契約・発注した経費は対象外になるため、スケジュールの管理が重要です。

補助金の概要は事業承継・M&A補助金とは、公的な相談窓口や支援策の全体像はM&Aの公的支援で整理しています。

制度の比較表：M&Aで検討したい税制・支援策

M&Aで税制優遇を検討する手順

税制優遇は、要件の多くが「事前に」手続きを済ませることを前提にしています。M&Aが決まってから慌てて調べるのではなく、次のような順序で検討しておくと取りこぼしを防ぎやすくなります。

• 1. 対象会社の価値とスキームの方向性を整理する：株式譲渡か事業譲渡かで使える制度が変わるため、まず価値の目安とスキームの候補を把握します。価値の考え方は株式評価の3つのアプローチを参考にしてください。
• 2. 税理士に適用可能な制度を確認する：買い手は準備金や設備投資の税制、売り手は手取りと退職金の設計を中心に、M&Aに詳しい税理士に相談します。相談先の選び方は税理士のM&A支援で解説しています。
• 3. 必要な計画の作成・認定申請を行う：経営力向上計画など、制度ごとに必要な計画を作成し、株式取得や不動産移転の前に認定を受けられるよう逆算します。
• 4. デューデリジェンスを計画どおりに実施する：準備金を使う場合は、計画に記載した事前調査を実施し、その内容を記録しておきます。
• 5. 最終契約・クロージングと申告：取得後の決算で準備金の積立や税額控除を申告し、必要な報告を行います。売り手は翌年に株式譲渡所得の確定申告を行います。
• 6. 取得後の管理：準備金の据置期間や取崩しの時期、合併・売却の予定を管理し、将来の益金算入に備えて資金計画を立てておきます。

どこに相談すればよいか迷う場合は、事業承継の相談先もあわせてご覧ください。公的な支援機関では、補助金や税制の情報もあわせて得られます。

M&Aの税制優遇を使う際の注意点

• 「減税」ではなく「繰延べ」のものがある：準備金は将来取り崩して益金に算入するため、税負担が消えるわけではありません。長期の税負担と資金繰りの両面で評価します。
• 手続きの順序を誤ると使えない：計画認定の前に株式を取得した、交付決定の前に発注した、といった順序の誤りで制度を使えなくなることがあります。
• 改正で内容・期限が変わる：適用期限の延長・廃止、要件の見直しは頻繁に行われます。過去の情報をもとに判断せず、最新の公表資料を確認します。
• 税制ありきでM&Aを判断しない：税制はあくまで補助的な要素です。対象事業の価値や将来性、統合後の成長の見通しが前提であり、税制メリットがあるから割高な価格で買ってよいということにはなりません。
• 売り手と買い手で有利なスキームが異なる：売り手は株式譲渡、買い手は事業譲渡（のれんの損金算入や簿外債務の遮断）を好む傾向があり、税負担の違いが価格交渉の論点になります。双方の税効果を踏まえて条件を調整するのが一般的です。

よくある質問（FAQ）

Q. M&Aの減税措置は、売り手と買い手のどちらが使えますか？

A. M&A専用の減税措置の多くは、株式や事業を譲り受ける買い手（中小企業）向けです。代表的なのは、株式取得価額の一定割合を準備金として損金算入できる中小企業事業再編投資損失準備金です。売り手には専用の減税制度は多くありませんが、株式譲渡の申告分離課税や役員退職金の活用など、一般的な税制の中で手取りを確保する工夫が中心になります。

Q. 準備金を積み立てると、税金はいくら安くなりますか？

A. 積み立てた金額がその年度の損金になるため、課税所得が減った分だけ法人税等が少なくなります。ただし、準備金は据置期間の後に取り崩して益金に算入するため、将来の税負担が増えます。トータルでは課税のタイミングがずれる「繰延べ」の効果と考え、具体的な金額は税理士に試算してもらうのが確実です。

Q. 株式譲渡と事業譲渡では、どちらが税金面で有利ですか？

A. 個人オーナーの売り手にとっては、譲渡代金が直接手元に入り、一律の税率で課税される株式譲渡のほうが手取りを確保しやすいケースが多いといえます。一方、買い手はのれんを損金算入できる事業譲渡を好む傾向があります。繰越欠損金の有無など会社ごとの事情でも結論が変わるため、両方のスキームで試算して比較するのがおすすめです。

Q. 事業承継税制は第三者へのM&Aでも使えますか？

A. 事業承継税制は、株式を贈与・相続で引き継ぐ場合の贈与税・相続税を猶予・免除する制度であり、第三者に株式を売却するM&Aには使えません。また、事業承継税制で株式を引き継いだ後に第三者へ売却すると、猶予されていた税額の納付が必要になる場合があります。親族内承継とM&Aのどちらを選ぶかは、税負担も含めて早い段階で比較しておくことが大切です。

Q. 税制優遇と補助金は同時に使えますか？

A. 税制と補助金は別の制度のため、それぞれの要件を満たせば両方を検討できます。ただし、同じ経費に国の複数の支援を重ねて受けられないといったルールや、補助金自体が原則として課税対象になる点には注意が必要です。併用の可否や順序は、公的な支援機関や税理士に確認してください。

まとめ

M&Aの減税措置・税制優遇は、主に買い手向けに設計されています。中心となる中小企業事業再編投資損失準備金は、株式取得価額の一定割合を損金算入できる制度で、買収直後の資金繰りを支える効果がありますが、据置期間後に取り崩す「課税の繰延べ」である点や、株式取得前の計画認定が必要な点に注意が必要です。売り手にとっては、株式譲渡の申告分離課税（一般的に20.315%）と事業譲渡の二段階課税の違い、役員退職金の活用が手取りを左右します。事業承継税制は贈与・相続による承継のための別の制度で、補助金は税制とは別の枠組みとして併用を検討できます。

税制は改正が頻繁なため、最新の要件は中小企業庁・国税庁の公表資料で確認し、適用の判断は税理士に相談してください。そのうえで、税制ありきではなく、対象会社の価値を正しく把握し、スキームごとの手取りや税負担を比較して総合的に判断することが重要です。

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